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数十年来，樊崇义从未停止过对司法正义的探索。“法治的最高层次是一种信念，应该是对于人的价值的尊敬。”他一直认为，法律应实践出这样的人文理想：每一个人都应该受到尊重和关怀，法治的本质就是无差别性、平等性和彻底性，“法治绝不是对一部分人讲，而对另一部分人不讲；不是想讲就讲，不想讲就不讲；不是有时候讲有时候就不讲；不是有些事讲有些事就不讲”。

学院复办后，樊崇义回校担任刑事诉讼法教研室主任，讲授“刑事诉讼法学”“证据学”“刑事诉讼法专论”“俄罗斯独联体刑事诉讼”等课程。1992年，樊崇义被评为教授，1995年被聘为博士生导师，由他主持和领导的刑事诉讼教研室于1998年被评为先进教研室。1998年任北京市政协委员，并被任命为北京市政协学习民主会委员。1999年享受国务院政府特殊津贴。2002年被评为北京创新标兵。2005年被北京市政府授予先进工作者称号。2009年入选首批“当代中国法学名家”。

在法学基础理论研究方面，樊崇义曾带领团队走在了全国同行的最前沿，贡献有口皆碑。他重视诉讼基础理论研究，申报的“诉讼原理研究”获批教育部重大课题项目，最终结项成果被教育部推荐适用于全国研究生教材。他还率先出版了《部门法学哲理化》和《刑事诉讼法哲理思维》两部专著，引领诉讼法学的研究向诉讼认识论、诉讼价值论、诉讼人本论、诉讼实证论等法哲学的深度发展。

不过，即使法律有明确规定，但“无罪推定”在司法实践却仍然面临困境。樊崇义认为，这一制度实施之难，难在“无罪推定”与“有罪推定”的博弈，难在“疑罪从无”的司法理性能否回归，即能否坚守“疑罪从无”的底线标准，“我们必须在依法治国的指引下，一要通过立法使底线标准形成制度；二要在制度的后面促进诉讼文化的形成”。

这一次，樊崇义继续着重建议立法者应认真思考律师在场、沉默权等制度入法的问题。他说，从我国刑诉法的产生到立法汤姆官网首页入口，从“拨乱反正，有法可依”到“无罪推定、疑罪从无”引进法典，再到尊重和保障人权的确立、认罪认罚从宽制度的引入，刑辩律师参与诉讼的程度、承担的任务、在诉讼中的地位不断得到巩固、加强和扩大，“律师到场制度、沉默权等要不要引入法典，这要认真思考”。

“这里边有司法的优越感，有对公众期待的误解，从最本质上还是对法治精神的理解不够透彻。”樊崇义认为，我们的观念还是有一些禁区，还是把被告人当作“坏人”，我们在考虑一些案件处理方式的时候用的不是法治思维汤姆官网首页入口，没有将法治的精神平等适用于每一个人，“认罪认罚从宽制度不仅是司法机关的权力，也是被告人的权利，司法机关也要通过展现司法善意，激发被告人尚未泯灭的良知，助其回归社会”。

此外，无罪认定所面临的困境更大。“虽然以审判为中心的诉讼制度改革推进很久，但很多法官还是逃脱不了无罪恐惧论，庭审实质化也没有得到真正地落实。”樊崇义认为，虽然有了司法责任制，但对基层检察官、法官仍不放心放权，以为放权就容易滥权，殊不知这反而增加了腐败的成本，“这还是一种法治禁区的观念，还是传统的行政管理和思维惯性，突破了这些禁区，司法改革才能走出深水区”。

刑事司法实践中轻罪居多已成常态，迫切需要转变以重罪为主的司法理念，并对轻罪案件采取差别化治理方式。樊崇义直言，在犯罪治理上，不区分重罪、轻罪汤姆官网首页入口，简单的“一刀切”，其效果不好，“特别是在一些轻罪治理上，出现了附随的行政处罚及其后果，可能重于刑罚处罚本身，导致了刑事制裁力度的外溢，甚至制造了社会对立面”。

随着制度入法，在轻罪案件的内部结构中，认罪认罚案件占据了绝大多数。此后，《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》规定：“人民检察院提出量刑建议前，应当充分听取犯罪嫌疑人、辩护人或者值班律师的意见，尽量协商一致。”这一规定从立法层面开启了“刑事协商”制度的适用和研究。樊崇义说，如何科学进行量刑协商、精准提出量刑建议并使其具有正当性，是接下来的办案重心，“检察机关处于主导地位，应提出精准、科学的量刑建议；人民法院基于以审判为中心的要求，应当对量刑建议予以审查”。